Gjatë luftës turko-veneciane (1664-1669), ai u përpoq që të organizonte veprime të përbashkëta me venecianët kundër pushtuesve osmane. Po kështu edhe në konfliktin turko-austriak (1689) Pjetër Bogdani mori malin për të organizuar kryengritjen e armatosur, dhe, kur forcat austriake hynë në Prishtinë, me ta u bashkuan edhe rreth 500 luftëtarë të cilët kronisti austriak i cilëson "arnautë", d.m.th. shqiptarë. Bogdani ishte faktori vendimtar i këtij bashkëveprimi, aq sa kronisti i mësipërm, kur vdiq, më 6 dhjetor 1689, në mënyrë lakonike shkruan se "me vdekjen e Pjetër Bogdanit iku edhe fati ynë në tokë". Dhe me të vërtetë, ushtria austriake filloi të pësonte disfata të përditshme. Frytet e punës politike të Bogdanit për afrimin e shqiptarëve myslimane e katolike kundër zgjedhës shekullore, sidomos simpatinë që gëzonte ai tek shqiptarët myslimanë, e dëshmon edhe suksesi që pati më 1680, kur pajtoi brenda tri orëve fiset e Krasniqit dhe të Gashit, që ishin në gjakmarrje.Për t'u shpëtuar këtyre ndjekjeve, atij i është dashur shpeshherë të merrte udhët e maleve. Madje edhe sot nëpër vendet ku ka kaluar ka shpella që mbajnë emrin e tij e që tregojnë se ai është fshehur në to për t'u shpëtuar operacioneve ushtarake turke. Gjatë këtyre arratisjeve, me sa duket, ai merrte me vete biblotekën personale, ose , të paktën, dorëshkrimet e vyera, sepse sikurse e thotë vetë me keqardhje, gjatë këtyre shtegtimeve të detyrueshme atij i humbi (hupi si krypa nd'ujët-shkruan ai) dorëshkrimi i gramatikës së të ungjit. Pjetër Bogdani ka hyrë në historinë e patriotizmit shqiptar dhe të kulturës shqiptare jo vetëm me veprimtarinë e vet kombëtare për të organizuar kryengritjen e përgjithshme antiosmane, por edhe me veprën e tij diturore-letrare "Çeta e profetëve" (Cuneus profhetarum), që e botoi në Padovë, më 1635 me ndihmën e një miku të vet.Me kulturën e tij të gjerë enciklopedike, me mendimet e tij përparimtare iluministe e atdhetare, me punën e gjatë këmbëngulëse më se tridhjetëvjeçare, Bogdani i dha letërsisë shqiptare dhe popullit shqiptar një vepër madhore, që kurorëzoi traditën e mëparshme letrare e kulturore dhe që paralajmëroi një periudhe të re të zgjimit gjithkombëtar.

Bogdani është një njeri erudit. Nga leximi i veprës së tij mësojmë se përveç gjuhës amtare, ai dinte edhe italishten, latinishten, kroatishten, armenishten, greqishten, arabishten, hebraishten, dhe sirishten.Por më tepër se doktorata që mori edhe gjuhët që dinte, për vlerat e shquara të Bogdanit flet vepra e tij, " Çeta e profeteve„ është shkruar me një kulturë të gjerë, në të ka informacion të pasur nga historia e popullit tonë, nga filozofia dhe shkencat e natyrës. Vepra e tij nuk është përkthim. Legjendat biblike që janë në themel të saj, ai i ka përpunuar në mënyrë të lirë dhe herë pas here fut ide, arsyetime dhe argumentime me karakter filozofik, historik, politik, shkencor-natyror etj, që s'kanë të bëjnë fare me legjendat biblike dhe që i japin asaj karakter origjinal. Vepra e Bogdanit nuk është thjesht një tekst për shërbesat fetare, as për mësimin e fesë, siç ishin veprat e Buzukut e Budit. Ajo është një vepër teologjike-filozofike, me elemente të shumta enciklopedike që përshkrohet fund e krye nga dashuria e madhe për popullin shqiptar dhe gjuhën shqipe, nga dëshira për të ndihmuar zhvillimin dhe përparimin e kulturës shqiptare dhe nga urrejtja për pushtuesin. Vepra përbëhet nga dy pjesë. Në pjesën e parë trajtohen probleme teologjike e filozofike të doktrinës së krishtere, kurse në pjesën e dytë jetëshkrimi i Krishtit. Po autori del jashtë ketyre caqeve. Në pjesën e parë trajtohen edhe shumë probleme të shkencave natyrore, si të gjeografisë, astronomisë, fizikës, matematikës etj, por edhe të shkencave shoqërore si të teorisë së letërsisë etj. Duke goditur besimet e kota, ai në veprën e tij shpjegon, psh., si formohet shiu, vesa, breshri, bora, vetëtima etj., ç'janë tërmeti, eklipset e diellit e të hënës, baticat e zbaticat, flet për njohjen e botës nëpërmjet shqisave etj Meritë e tij është se gjithcka e trajton në nivelin e mendimit më të përparuar të kohës kur jetoi. Në pjesën e dytë, duke përshkruar jetën e Krishtit etj., ai solli në letërsinë tonë llojin e jetëshkrimit, realizmin në përshkrimin edhe vizatimin e figurave biblike, duke përdorur me mjeshtëri rrëfimin artistik në njerëz të ndryshëm. Ndihmesa e tij është e rëndësishme sidomos në formimin e prozës shkencore shqiptare.

Me interes të veçantë janë idetë e tij patriotike që parashtron jo vetëm në parathënien e veprës, por edhe gjatë shtjellimit të materialit. Sa herë i bëhet e mundshme, ai gjen rast të përmendë qëndresën burrërore të shqiptarëve. Me admirim flet p.sh., për qëndresën e kelmendasve "Kush mundetë me i ra mboh se ma i vobekje Vuca Pasha, i silli për të mbledhë një ushtri 12.000 vetësh, nuk i mjaftuan shumë milion ar, se kelmendasit tanë, të sijtë, me nji zan. "Eja kush ashtë trim„ mbledhunë afër 500 vetë, vranë Vuca Pashën, vjetit të Krishtit 1639„ …etj.Bogdani njeh mirë historinë e Shqipërisë dhe shkrimet e për të prandaj, kur i vjen rasti, ai përmend me krenari vlerësime pozitive që kanë bërë historianë të huaj për vendin dhe popullin tonë. Diku ai përmend thënien e Herodotit: Cezar Augusti "Dëshironte fort me pasun ndë ushtritë tinë t'arbëreshëtë. Përse thonj pësonjënë shumë e nuk druhen për hu e për het, se janë më zemërorë se të tjerëtë„ .Karakteristike tjetër e personalitetit të Bogdanit është mendimi i tij iluminist. Nëpërmjet përhapjes në popull të dijes dhe kulturës në gjuhën shqipe, ai shikonte një nga rrugët për të shpëtuar nga zgjedha e huaj. Paditurinë (në parathënien e veprës së vet) ai e quan një nga shkaqet kryesore të mjerimit dhe të skllavërisë së popullit.
"Prashtu dergjet e dheu ndë robi t'errëtë e verbuem me dy palë niegulla të zeza mbi faqe, që janë mkati i të paditunitë, perse u dvua dieja e urteja. E tue kjanë dheu i Arbënit ndë mjedistë t'pafevet„ …
Pra, autorit i qan zemra që populli i tij dergjet nën zgjedhë të huaj dhe ndodhet i verbuar me dy palë mjergulla, që janë mëkati e padituria. Dhe kjo, sepse dheu i Arbërit ndodhet mes të të pafeve, d.m.th. të pushtuesve osmanë.Lënda që trajton Bogdani në veprën e tij, është e vështirë, sepse përmban koncepte e nocione abstrakte të fushave të ndryshme të dijes. Prozës shqiptare në atë kohë i mungonte tradita për të shprehur këto nocione. Por Bogdani asnjëherë nuk u përkul e nuk u ligështua para vështirësive, sepse kishte besim tek thesari i pasur i gjuhës shqipe. Me përpjekje këmbëngulëse, duke mbledhur me kujdes fjalë të lashta e të rralla nga visari i gjuhës popullore e duke i përdorur ato me kuptim të drejtpërdrejtë ose të figurshëm, ai e ngriti gjuhën shqipe në nivele të reja, tregoi aftësitë e saj për të fituar mundësi të larta shprehjeje e stili. Ai është i vetëdijshëm se në këtë punë mund të ketë edhe të meta e mangës , prandaj ne fjalët e fundit të parathënies së veprës ai i drejtohet lexuesit: "Të lutemi pra, litari em i urtë, të më ndijeçë në gjeç fjalëzë, që të trazon veshëtë. Përse as dielli pa hije as hëna pa mjegullore mbi faqe nuk anshtë...""Çeta e profetëve„ përmban edhe disa vjersha, shkruar nga vetë autori ose nga të tjerë. Nga këto, me interes të veçantë si për formën, ashtu edhe për idetë e saj, është një vjershë e Lukë Bogdanit. Ajo na sjell të gjallë deri në ditët tona kujtimin për Skënderbeun dhe mbresat e autorit për bukurinë dhe madhështinë e vendlindjes së poetit dhe veçanërisht të viseve ku ka jetuar e punuar poeti.
Me sa duket, me kërkesë të Vatikanit (ndoshta për të kontrolluar përmbajtjen para se të jepej leja e botimit), Bogdanit iu desh që veprën e tij ta përkthente në gjuhën italiane. Në këtë mënyrë shqipja ballafaqohet me një gjuhë evropiane të zhvilluar për kohën dhe veprës se Bogdanit i takon fati që të jetë e para vepër e përkthyer nga shqipja në një gjuhë tjetër, dhe autorit merita që të jetë i pari përkthyes i letërsisë shqiptare në gjuhë të huaj. Vepra e Bogdanit me përmbajtjen dhe me gjuhën e saj e çoi shumë përpara traditën e shkrimit të shqipes e sidomos të lëvrimit të prozës origjinale. Me veprimtarinë e tij patriotike, duke bashkuar ndjenjën fetare me ndjenjën kombëtare, me personalitetin dhe me veprën e tij, Pjetër Bogdani i siguroi vetes një vend të veçantë në historinë e patriotizmit shqiptar e të kulturës sonë kombëtare.